Los grandes humedales del País Vasco son mayormente de origen artificial, destacando por su extensión los denominados "embalses del Zadorra", en la provincia de Alava. No obstante, zonas húmedas de menor envergadura a menudo acogen a una interesantísima avifauna, generalmente de carácter estacional.

Ante todo, ha de indicarse el hecho de que en todos los humedales y embalses representativos de la Comunidad está actualmente prohibida la caza. Solamente algunas de las aves cinegéticas típicas de zonas húmedas, podrán ser objeto de aprovechamiento si se encuentran en los cauces fluviales permitidos.

Entre los patos que se citan en los humedales vascos, cabe enumerar algunas especies muy escasas y amenazadas, como son el tarro blanco y el porrón pardo. Otras acuáticas protegidas y coincidentes en buen número de zonas húmedas, normalmente mezcladas con ánades, cercetas y porrones, son el cormorán grande, el zampullín chico y cuellinegro y el somormujo lavanco.

La pieza reina de las acuáticas cinegéticas es el ánsar común. Si bien no hay que confundirlo con otros gansos de presencia esporádica como los ánsares campestre, piquicorto y careto, y las barnaclas (carinegra, cariblanca, canadiense y cuellirroja).

Las zonas húmedas son áreas propicias de limícolas. Avefrías y agachadizas, ambas cinegéticas, son habitantes frecuentes de orillas fangosas y praderas húmedas, donde comparten hábitat con un buen número de especies afines, de aspecto más grácil, patas zancudas y largos picos, todas ellas estrictamente protegidas: archibebes, andarríos, zarapitos, agujas, correlimos, chorlitejos, avoceta, etc.

En los embalses se repuebla recurridamente con truchas, que son objeto de pesca. También se ha constatado la presencia en ellos de percas y lucios, especies introducidas y consideradas como depredadoras que interfieren con las poblaciones autóctonas y que deben ser estrechamente controladas.