El relieve y el clima juegan un papel fundamental a la hora de definir las características de los ríos vascos. Se diferencian claramente las dos cuencas vertientes: la atlántica, con ríos de caudal regular, de escasa longitud y elevadas pendientes en su curso, debido a la cercanía de las montañas de la divisoria al mar; y la vertiente mediterránea, a la que pertenecen los afluentes del Ebro, con ríos mucho más definidos, de recorrido más largo, de mayor cauce y caudal, aunque con marcado estiaje veraniego.

La comunidad faunística de los ríos agrupa a las especies que viven en este medio y explotan los recursos de los cursos de agua y sus riberas. Esta comunidad tiene un carácter propio ya que alberga a especies características y exclusivas de ella, algunas de las cuales poseen un "status" muy precario en el País Vasco. Entre ellas no hay que destacar sólo los peces, sino también numerosos e interesantísimos anfibios (ranas, salamandras...), aves (martín pescador, mirlo acuàtico, ambas bioindicadoras de aguas no contaminadas) y mamíferos (nutria, visón europeo, turón, desmán del pirineo...). Muchas de las especies citadas se encuentran catalogadas como amenazadas en el País Vasco y, en cualquier caso, está prohibida su caza.

Desde el punto de vista de la pesca, en primer lugar, destaca en algunas cabeceras de arroyos montañosos la existencia de las escasas poblaciones supervivientes del cangrejo común, especie estrictamente protegida en el País Vasco. Por contra, en balsas, pantanos y tramos bajos de los ríos es frecuente encontrar a las otras dos especies de cangrejo, el señal y el rojo, ambas pescables aunque el primero de ellos con cupos.

La comunidad piscícola se basa en la presencia de la trucha común, que ocupa todos los ríos y arroyos con suficiente caudal. Otras especies muy frecuentes en los ríos vascos son el piscardo y el barbo, sobre todo en los tramos bajos. La trucha arco-iris ha sido detectada en numerosos ríos de todo el País Vasco, pero normalmente localizada en las cercanías de las piscifactorías de producción.

Una de las especies más apreciadas es el salmón, que sólo puede ser capturado en el río Bidasoa (recientemente también en el Urumea), en Gipuzkoa, aunque está presente también en otras regatas de la vertiente cantábrica, en la mayor parte de ellas introducido artificialmente. Otra especie restringida a aquel río es el sábalo, si bien no es objeto de pesca.

En las zonas bajas de los ríos de la vertiente mediterránea es posible la presencia natural de tencas, especie que ha sido introducida así mismo en algunos ríos de la vertiente cantábrica.