La "Procesionaria del pino" (Thaumetopoea pityocampa) es un lepidóptero característico de los países mediterráneos cuyas orugas defoliadoras causan graves daños en las masas de pinares del País Vasco, con pérdidas importantes de crecimiento en volumen que se pueden estimar entre el 14.5% y el 33%. Además de los buenos resultados del tratamiento químico con Dimilin, en la actualidad se viene ensayando la lucha biológica contra esta plaga tanto en forma de insecticidas microbianos utilizados en la bacteria Bacillus thuringiensis var. kurstaki en aplicaciones aéreas, como en forma de parásitos y parasitoides del insecto en diferentes estadíos: huevo, larva y adulto.

También la enfermedad conocida como "banda roja" es un acompañante muy frecuente en las masas de pino radiata del País Vasco. Está producida por el hongo Dothistroma pini y es la causante de defoliaciones parciales, normalmente en las partes interiores e inferiores de las copas de los pinos. El control de la enfermedad a base de productos químicos (Oxicloruro de Cobre) es generalmente efectivo y se ha aplicado con éxito en Nueva Zelanda.

Diplodia pinea es un hongo que se desarrolla sobre los restos leñosos de las masas forestales, pudiendo adquirir virulencia epidémica bajo condiciones ambientales favorables y por la acción de factores mecánicos (granizo, fuertes vientos, podas, picaduras de insectos, sequías...). Está presente en toda el área poblada con pino radiata en el País Vasco y en condiciones adecuadas produce ataques de gran importancia como el que se produjo en el año 1993 tras un fuerte granizo en la zona noroeste de Alava, afectando a unas 100 ha. Los métodos de lucha contra esta enfermedad consisten en la eliminación de los pies más afectados y el aclareo de la masa restante para revigorizarla.

Por su parte, el género Quercus está sufriendo desde hace unos años un debilitamiento general en sus masas. Así, para Q. robur (roble pedunculado) y Q. petraea (roble albar) se unen las acciones del oídio (Microsphaera alphitoides) con un potente defoliador, Altica quercetorum. En Q. faginea (quejigo) la combinación de defoliadores como Limantria dispar y Tortrix viridana y hongos patógenos como Diplodia quercus provocan un deficiente estado sanitario de las masas, con la muerte de ciertos pies debilitados. En diversas plantaciones de Quercus rubra (roble americano) se está detectando también en los últimos años incidencia de ataques de hongos.