Analizando la distribución de los vertebrados, existen en el País Vasco numerosas áreas de interés faunístico, coincidentes en general con zonas montañosas de escasa habitación humana e importantes masas forestales, de frondosas fundamentalmente.

Otros espacios de interés para la fauna, principalmente por la presencia de especies amenazadas (peces, anfibios, nutria, visón europeo, desmán del Pirineo, etc.), son los ríos y arroyos. Los más importantes, en este sentido son: Ebro, Baias y Zadorra, en Alava y Leitzaran en Gipuzkoa.

Ecosistemas húmedos de gran interés como lugares de invernada y cría de aves migratorias son las lagunas de Laguardia y los embalses del Zadorra (Alava) y las marismas de Txingudi (Gipuzkoa) y la Reserva de la Biosfera de Urdaibai (Bizkaia).

En 1998 se realizó un estudio pormenorizado sobre la "Situación de los Vertebrados continentales de la Comunidad Autónoma del País vasco", que incluye fichas individuales de todas las especies de vertebrados continentales cuya presencia es conocida actualmente en el País Vasco. Para acceder a esta base de datos se accede haciendo click en el siguiente  BUSCADOR: