El área de Izki se puede considerar de transición entre lo netamente atlántico y lo mediterráneo. Los vientos dominantes, procedentes del Noroeste, encuentran a su paso sucesivas barreras orográficas antes de alcanzar Izki, pero ello no es suficiente para impedir que en la zona las precipitaciones anuales superen los 800 mm. Así, el ombrotipo característico se sitúa en los niveles de subhúmedo a húmedo.

Las cotas de altitud, superior a 700 m, se traducen en inviernos fríos y veranos templados. La temperatura media anual ronda los 11ºC, siendo escaso el periodo libre de heladas.

La tectónica y estructuración general de la zona son sencillas, con suaves anticlinales y sinclinales y con fallas normales de pequeño desplazamiento. Destaca en la tectónica del área el diapiro triásico de Maestu, de amplia extensión superficial (cercana a los 14 km2).

La mayor parte del territorio se ubica en la cuenca del río Izki, que constituye una unidad geomorfológica definida por la uniformidad de sus materiales litológicos (arenas y areniscas, principalmente) y de su relieve: una sucesión de vaguadas y pequeñas lomas formando en su conjunto una cubeta amplia encajada entre montañas calcáreas.

La totalidad del área de Izki pertenece a la cuenca del río Ebro y por lo tanto a la vertiente mediterránea, lo que se traduce en valles fluviales relativamente amplios y en la estacionalidad de los caudales, con un marcado estiaje veraniego.

El río Izki constituye el eje hidrológico central del área, ya que su cuenca ocupa cerca de un 60% de la superficie y su curso drena la mayor parte de sus volúmenes hídricos. La práctica totalidad de su cuenca se sitúa en una extensa zona arbolada ocupada por arenas, configurando un valle caracterizado por la existencia de un gran número de cursos de agua de pequeño recorrido. Al llegar a una zona abrupta dominada por calcarenitas en las cercanías de Corres, el valle se encajona dando lugar a un espectacular barranco. En ese punto su caudal medio anual es de 610 l/seg.