Desde el punto de vista hidrológico, el País Vasco se caracteriza por niveles altos de precipitación, la importancia de los acuíferos subterráneos y el considerable grado de utilización de las aguas.

Las montañas de la divisoria, desde Sierra Salvada hasta el Macizo de Aralar, dividen el territorio vasco en dos vertientes: la cantábrica, que vierte diréctamente al mar, y la mediterránea, cuyas aguas quedan encauzadas hacia el río Ebro. La dirección de los cursos principales es sur-norte y únicamente el río Ibaizabal se distingue del resto debido a su dirección predominante este-oeste.

A grandes rasgos, la red hídrica cantábrica, bajo clima oceánico, se caracteriza por un fuerte poder erosivo y caudales sin grandes fluctuaciones, a excepción de los episodios torrenciales. Por su parte, en los ríos afluentes del Ebro, pese a ser de mayor caudal y envergadura, la sequía estival produce aforos mínimos y llegan a secarse algunos tramos.

Es de destacar la importancia que reúnen los acuíferos subterráneos del País Vasco, principalmente unidos a sustratos calizos y arenosos. Según las estimaciones realizadas, los distintos sectores y unidades hidrogeológicas se extienden por un 23% de la superficie geográfica y regulan, en un año medio, un 43% de los recursos hídricos totales.

Por otro lado, entre las captaciones e infraestructuras para el aprovechamiento de los recursos hídricos del País Vasco destacan los dos grandes embalses del Zadorra, situados en el interior alavés y que, además de un aprovechamiento energético y su uso para el abastecimiento de las poblaciones de Bilbao y Vitoria, poseen un creciente interés paisajístico, ecológico y recreativo.