Entre el cabo de Matxitxako y el pueblo de Bakio existe un tramo litoral en el que la tierra y el mar entablan batallas en las que el mar muestra su poderío en cuevas y arcos, erosionando areniscas, y la tierra vence dejando islotes de duras calizas arrecifales. Este modelo de erosión dibuja un paisaje de belleza única, lo que unido al interés histórico de la zona, han hecho merecer a ésta su catalogación como Biotopo Protegido.

En el corazón de este espacio se encuentran las islas de San Juan de Gaztelugatxe y Aketze. En la primera de ellas se encuentra la ermita, lugar al que, según la leyenda, San Juan Bautista llegó tras desembarcar en Bermeo y dar tres pasos que quedaron grabados en la roca del camino. Esta ermita tiene su origen en el siglo X y debió ser monasterio templario. En 1053 fue donada al monasterio de San Juan de la Peña, en Huesca y posteriormente sufrió varios saqueos e incendios, por lo que hoy la encontramos totalmente destruida. Para acceder a ella hay que atravesar un puente de piedra y subir 237 escalones.

Por su parte, el islote de Aketze se mantiene aislado y es un santuario para las aves marinas; en él crían más de 200 parejas de paíño común, cormoranes moñudos, gaviotas patiamarillas y palomas bravías.

En tierra firme se dibujan escarpados acantilados donde, entre la vegetación adaptada a la sal y a los vientos marinos, destacan la Armeria euskadiensis (endemismo vasco) y el acebuche (reliquia de épocas más cálidas). Por encima de ellos se encuentran ya los brezos, argomas, encinas y viñedos de los caseríos más próximos.

Dentro de la reserva marina de este tramo de costa, sobre fondos dominantemente rocosos, se asientan algas de gran porte como las Laminarias o Saccorhizas. En estos lugares se encuentran lubinas, fanecas, chicharros e incluso grandes predadores como el congrio o la morena.

A menor profundidad y entre algas rojas y calcáreas encuentran refugio las babosas, carraspios y julias, además de invertebrados como actinias, erizos, holoturias, pulpos, nécoras y centollos. Sobre las rocas encontramos los apreciados percebes.