La desembocadura del río Bidasoa presenta un conjunto de enclaves marismeños y terrazas fluviales que conservan de forma desigual sus características naturales originarias, pues parte de ellos han sido utilizados como huertas y prados. En general la zona posee un gran valor paisajístico y un potencial ecológico notablemente superior al actual. En cualquier caso, todavía se mantienen importantes zonas de carrizales, juncales y limos salobres.

El Bidasoa posee una comunidad piscícola de gran interés. Por un lado, es el único río del País Vasco en el que la población de salmones se ha mantenido hasta el momento actual. Así mismo, la entrada de aguas salobres en la marisma favorece la aparición de especies como el sábalo, el espinoso, etc.

Las aves que utilizan las zonas marismeñas son numerosísimas, especialmente durante la época invernal: colimbos, cormoranes, garcetas, garza real, diversas anátidas, correlimos, chorlitos y chorlitejos, gaviotas, etc.