El Parque Natural de Aiako Harria está situado en las estribaciones de los Pirineos. Contra sus montañas chocan las masas de aire provenientes Golfo de Bizkaia por lo que se producen abundantes precipitaciones. De hecho, esta zona registra las lluvias más altas del País Vasco: la precipitación anual supera los 2.000 mm en los valles, mientras que en las peñas de Aiako Harria se alcanzan los 2.800 mm, registrándose el máximo pluviométrico en los meses de invierno.

Sin embargo, tanto en invierno como en verano las temperaturas son suaves, dulcificadas por la influencia marina. La temperatura media anual ronda los 12º C, siendo 17º C la media de las máximas y 8º C la de las mínimas.

Los materiales que dominan la zona tienen un origen sumamente variado, pudiéndose encontrar en ella desde rocas plutónicas hasta rocas sedimentarias paleozoicas, mesozoicas y depósitos cuaternarios.

El Parque Natural incluye un macizo paleozoico con los materiales más antiguos que afloran hoy en Euskal Herria. Orogenias posteriores dieron lugar al ascenso de una masa de rocas ígneas que metamorfizó los materiales paleozoicos superficiales que iba atravesando y que constituyen la impresionante masa granítica de Aiako Harria.

Hidrología

Las condiciones hidrológicas de Aiako Harria se definen por la impermeabilidad del terreno, que dificulta la infiltración profunda del agua y la formación de acuíferos subterráneos. Existen tres grandes cuencas, correspondientes a los ríos Urumea, Oiartzun y Bidasoa. De éstas, solamente la del río Oiartzun se sitúa en su totalidad en Gipuzkoa. Existen abundantes captaciones de agua con destino al abastecimiento, destacando entre ellas el embalse de Añarbe cuya capacidad se cifra en unos 44 hm3.